Faktury zaliczkowe mogą dotyczyć jednej transakcji (na przykład jako powiązane do Faktury proforma) lub być rejestrowane zupełnie niezależnie. Dzięki temu można zrealizować różne scenariusze, gdzie kontrahent wpłaca kilka zaliczek i dostaje jedną fakturę finalną, uwzględniającą wybrane z nich.